Pour garantir efficacement la bonne exécution des tâches de l'Agence, les États membres et la Commission devraient être représentés au sein d'un conseil d'administration doté des pouvoirs nécessaires pour établir le budget, vérifier son exécution, adopter des règles financières appropriées, établir des procédures de travail transparentes pour la prise de décisions par l'Agence, approuver le programme de travail de l'Agence ainsi qu'adopter son propre règlement intérieur et les règles internes de fonctionnement de l'Agence de même que nommer et révoquer le directeur exécutif.
Da se zagotovi izvrševanje nalog Agencije, morajo biti države članice in Komisija zastopane v upravi, ki so ji dane potrebne pristojnosti za pripravo proračuna, nadzor nad njegovim izvrševanjem , sprejemanje primernih finančnih predpisov, določitev preglednih postopkov odločanja Agencije, potrjevanje programa dela Agencije, sprejetje lastnega poslovnika in statuta Agencije, imenovanje in razrešitev izvršnega direktorja.