Az Ügynökség feladatai ellátásának hatékony biztosítása érdekében a tagállamoknak és a Bizottságnak képviseltetniük kell magukat az igazgatóságban, amely fel van ruházva a költségvetés meghatározásához, annak végrehajtása ellenőrzéséhez, a megfelelő pénzügyi szabályok elfogadásához, az Ügynökség átlátható döntéshozatali eljárásainak kialakításához, az Ügynökség munkaprogramjának jóváhagyásához, saját eljárási szabályzata, valamint az Ügynökség belső működési szabályzata elfogadásához és az ügyvezető igazgató kinevezéséhez és leváltásához szükséges hatáskörökkel.
Da se zagotovi izvrševanje nalog Agencije, morajo biti države članice in Komisija zastopane v upravi, ki so ji dane potrebne pristojnosti za pripravo proračuna, nadzor nad njegovim izvrševanjem , sprejemanje primernih finančnih predpisov, določitev preglednih postopkov odločanja Agencije, potrjevanje programa dela Agencije, sprejetje lastnega poslovnika in statuta Agencije, imenovanje in razrešitev izvršnega direktorja.