Per assicurare efficacemente l'espletamento dei compiti dell'Agenzia, gli Stati membri e la Commissione dovrebbero essere rappresentati in un consiglio di amministrazione dotato dei necessari poteri di stabilire il bilancio, verificarne l'esecuzione, adottare le regole finanziarie necessarie, istituire procedure di lavoro trasparenti per l'adozione delle decisioni dell'Agenzia, approvarne il programma di lavoro, adottare il proprio regolamento interno e quello dell'Agenzia, nominare e revocare il direttore esecutivo.
Da se zagotovi izvrševanje nalog Agencije, morajo biti države članice in Komisija zastopane v upravi, ki so ji dane potrebne pristojnosti za pripravo proračuna, nadzor nad njegovim izvrševanjem , sprejemanje primernih finančnih predpisov, določitev preglednih postopkov odločanja Agencije, potrjevanje programa dela Agencije, sprejetje lastnega poslovnika in statuta Agencije, imenovanje in razrešitev izvršnega direktorja.