Il direttore esecutivo dell'Agenzia è nominato dal consiglio di amministrazione in base al merito e alle provate capacità in campo amministrativo e gestionale, nonché alla competenza ed esperienza in materia di sicurezza marittima, protezione marittima, prevenzione dell'inquinamento e intervento contro l'inquinamento causato dalle navi.
Upravni odbor imenuje izvršnega direktorja Agencije na podlagi zaslug in dokumentiranih upravljavskih in vodstvenih sposobnosti, pa tudi usposobljenosti in izkušenj, pomembnih za pomorsko varnost, pomorsko zaščito, preprečevanje in odzivanje na onesnaženje z ladij.